1、内涵不同：**部门、行政单位是国家机关[国家机关（State organs）是指从事国家管理和行使国家权力的机关。]，而事业单位[事业单位（Public Institution）是指由**利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。]是实施**某项公益服务的部门，是社会服务组织。
2、担负的职责不同：**部门、行政单位是负责对国家各项行政事务[行政事务是指国家机关、企事业单位和社会团体内部的日常管理事务与各项服务。]进行组织、管理和指挥；而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。
3、编制和工资待遇的来源不同：国家部门、行政单位使用行政编制[行政编制是国家机关编制管理部门根据宪法和各级人民**组织法所确立的组织原则，根据行政部门的结构、职能和工作量下达的工作人员的编制额度。]、由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。事业单位由全额拨款的，有部分拨款的，还有事业单位企业化管理的。行政单位人员的工资按《公务员法[《公务员法》是一部规范公务员行为准则的法律，《中华人民共和国公务员法》已由中华人民共和国第十届全国人民代表大会常务委员会第十五次会议于2005年4月27日通过，自2006年1月1日起施行。]》由国家负担，而事业单位则根据不同的管理模式[真正的、现代意义上的管理，都要通过管理模式来进行。]实行不同的待遇。 行政单位或事业单位根据根据工作性质，也有具有行政事业编制的非公务员的人就职，一般是从事后勤保障[后勤保障是**组织实施物资经费供应、医疗救护、装备维修、交通运输等各项专业勤务保障的总称。]的工勤人员，他们的待遇除职权不同外，收入和公务员完全一致。