通路查询、富集分析宝藏工具KEGG,信号通路第一关!65页精美图文帮你搞定...
KEGG是通路查询和富集分析的重要工具，它能够帮助科研人员深入理解信号通路。以下是关于KEGG的详细介绍：核心功能：疾病或表型寻找相关通路：KEGG允许用户通过疾病或特定的表型来搜索相关的信号通路，这对于深入研究疾病背后的分子机制至关重要。
KEGG的核心价值 京都基因与基因组百科全书：KEGG由日本Kanehisa Laboratories开发，是生物信息学领域的重要资源，涵盖了信号通路、基因、疾病和药物等多方面的信息。 直观图形展示：KEGG以图形化的方式展示代谢途径及其相互联系，避免了冗长文字带来的理解困难，使得复杂的生物过程变得易于理解。
初次接触KEGG可能会感到困惑，因为它包含16个子数据库，但其实对医学研究者来说，常用的功能仅限于三个方面：一是通过疾病或表型查找相关通路；二是根据特定分子搜索相关通路；三是利用差异分子列表构建通路网络。有了这些基础，你可以通过我们的免费65页KEGG使用教程（高清图片PDF）深入了解。
作为日本京都Kanehisa Laboratories研发的数据库，KEGG涵盖了信号通路、基因、疾病、药物等丰富内容，其独特之处在于以直观图形而非冗长文字展示复杂的代谢途径及其相互关系，使得信息一目了然。
如何查找感兴趣的通路:KEGG数据库(一)
访问KEGG数据库 首先，打开浏览器，输入KEGG数据库的网址：https：//。这是KEGG数据库的主页，页面布局清晰，包含搜索栏、简介、内容导航、子数据库列表、选择不同物种以及分析工具等多个模块。使用搜索栏查找感兴趣的基因或通路 在搜索栏输入关键词：在KEGG主页的最上方，有一个搜索栏。
访问KEGG数据库：kegg.jp/ 以HIF为例，演示如何在数据库内查找感兴趣的通路。步骤一：主页面搜索框输入HIF，点击Search。步骤二：点击KEGG PATHYWAY下的map04066进入HIF-1信号通路。界面显示包括通路基本信息（Entry、Name、Description、Class），其中Description为HIF-1信号通路概述。
点击右侧“示例数据”链接下载Excel格式的示例数据。示例数据包括两列：第一列是富集的pathway通路名字，第二列是该富集通路中包含的基因与做富集分析时所输入的基因的交集基因个数。粘贴输入数据 直接拷贝示例数据中的AB两列数据，然后粘贴到输入框中。注意，不是拷贝Excel文件，而是拷贝Excel文件里边的数据。
在通路富集分析后，研究人员常常面临如何从众多英文通路名称中快速找到特定关键词相关通路的问题，如癌症、免疫或代谢等。 为了解决这一问题，本文介绍了一款KEGG Pathway通路汇总工具，该工具可以帮助用户轻松地找到并汇总感兴趣的通路，如癌症或免疫相关通路，并将其可视化。
在“Select Pathway Database Version”中选择你感兴趣的KEGG数据库版本。在“Select Correction Method for Multiple Testing”中选择校正方法（如Benjamini & Hochberg）。点击“Submit”开始分析。查看并下载结果 分析完成后，在结果页面查看富集的通路、基因以及校正值等信息。点击“Download”下载结果文件。
访问KEGG数据库的官方网站：kegg.jp/。搜索感兴趣的通路：在KEGG数据库的主页面搜索框中输入你感兴趣的通路名称或关键词。点击“Search”按钮进行搜索。进入通路详情页面：在搜索结果中，找到与你的搜索关键词相关的KEGG PATHWAY条目。点击该条目进入通路详情页面。
细胞信号通路的查询网站与制作软件
Reactome 网址：https：//reactome.org/PathwayBrowser/ 简介：Reactome网站整合了许多细胞信号通路，用户可以单独查看感兴趣的通路，也可以查看相关通路之间的联系。虽然该网站的图表相对简单，但实用性很强，适合快速了解信号通路的基本框架。
ScienceSlide：生物医学领域插图制作的神器，适用于制作高质量的信号通路图。PathwayBuilder：专业且易用的信号通路绘图软件，提供丰富的图形元素和编辑功能。IBS 0：在线开放平台，可用于绘制高质量的序列示意图，同样适用于信号通路的可视化。
查询网站： KEGG：一个集成数据库资源，用于生物信息学分析和代谢途径研究，提供了丰富的信号通路信息。 NCBI数据库：美国国家生物技术信息中心提供的数据库，包含大量的基因、蛋白质和生物通路信息，是生物科学研究和学习的重要资源。
Reactome 简介：包含细胞代谢和信号通路的数据库。特点：以人类相关数据为主，同时包含22种其他物种的数据，如小鼠和大鼠。通路和化学反应可以通过网页浏览器查看但不能编辑，但大量的通路可以导出为多种格式。
OmniPath插件可以直接查询OmniPath Web服务器来实现信号通路数据的定制导入，从而使用户从处理URL查询中解脱出来，并允许直接连接到其他应用程序进行进一步分析。
Pathway Commons：整合多个物种的通路数据的数据库，提供统一的数据交互格式。Sabiosciences Pathway Central：提供超过400个代谢和细胞信号通路的资源，支持下载PPT格式的通路图。UCSD Signaling Gateway：全面的信号数据库，包含3700多种参与细胞信号传导的蛋白质的关键信息。
如何查询通路的介绍就聊到这里吧，感谢你花时间阅读本站内容，更多关于怎么查通行轨迹、如何查询通路的信息别忘了在本站进行查找哦！