高通量测序技术中一个重要环节就是文库构建,随着技术的不断完善,建库方**朝着低成本、高通量和低起始量的方向发展。在文库构建过程中,试剂盒[用于盛放检测化学成分、药物残留、**种类等化学试剂的盒子。]的选择是非常重要的,要根据不同的样本情况,选择合适的建库试剂盒。今天小编将为大家比较Illumina 的两种常用DNA建库试剂盒—TruSeq和Nextera,看一下这两种建库方法有何异同,为后期小伙伴[故事简介:根据刘真同名小说改编。]们建库选择试剂盒提供参考。以下内容全是干货,拿走不谢~

dna建库是什么意思

Illumina TruSeq DNA建库方法

TruSeq DNA建库方法采用***方法对DNA进行随机打断,然后加接头,片段筛选和PCR扩增。TruSeq DNA建库方法比较常用,对DNA的质量要求较低,自动化[自动化(Automation)是指机器设备、系统或过程(生产、管理过程)在没有人或较少人的直接参与下,按照人的要求,经过自动检测、信息处理、分析判断、操纵控制,实现预期的目标的过程。]程度高,基因组[基因组是指细胞内所有遗传信息,这种遗传信息以核苷酸序列形式存储。]覆盖度[覆盖度 (专业名词)也叫“植被覆盖度” ,指植被(包括叶、茎、枝)在地面的垂直投影面积占统计区总面积的百分比。]高,适合普通基因组的文库构建,缺点是操作步骤较多,耗时较长。图1为TruSeq DNA建库流程图[流程图(Flow Chart):使用图形表示算法的思路是一种极好的方法,因为千言万语不如一张图。],建库流程如下:

DNA超声打断

末端修复

末端加”A”

接头连接

片段筛选

PCR富集目的片段

图1 TruSeq DNA建库流程图

Illumina Nextera DNA建库方法

Nextera DNA建库方法运用高活性的转座酶[执行转座功能的酶,通常由转座子编码,识别转座子两端的特异序列,能把转座子从相邻序列中脱离出来,再插入到新的DNA靶位点,无同源性要求。],完成DNA的片段化和加接头,具有快速、操作简单和低建库起始量的优点,缺点是插入序列[插入序列(insertion sequence,IS)是最简单的转座元件,因为最初是从细菌的*糖操纵子中发现了一段自发的插入序列,阻止了**入的基因的转录,所以称为插入序列(IS)。]具有偏好性,对DNA的纯度和DNA浓度准确性要求较高。

Nextera建库方法采用转座酶随机插入并将基因组DNA打断成长度大小为300bp左右的片段,同时将测序所需的adaptor直接在插入打断的同时连接到片段的两端,缩短了建库时间、减少了样品的需求量,因此特别适合样品量有限的应用,如肿瘤活检、降解的DNA或纯化的DNA。图2为Nextera DNA建库流程图,建库流程如下:

转座酶片段打断,连接接头

清洗文库DN**段(去除转座酶)

5个循环PCR加P5、P7接头和index

片段筛选

图2 Nextera DNA建库流程图

划重点

看了上面的内容是不是有点红红火火恍恍惚惚的感觉,没关系,小编为大家划重点啦~TruSeq DNA建库方法对DNA的质量要求较低,成本低,基因组覆盖度高,自动化程度高,适合普通基因组建库;Nextera建库方法操作简单,耗时短,建库起始量低,适合样品量有限的样品建库。有了小编的分享,再也不用为试剂盒的选择发愁啦~有问题的小伙伴们可以给小编留言哦~

参考文献:

[1]Adey A, Morrison H G, Xun X, et al. Rapid, low-input, low-bias construction of shotgun fragment libraries by high-density in vitro transposition[J]. Genome biology, 2010, 11(12): 1.

[2]Lamble S, Batty E, Attar M, et al. Improved workflows for high throughput library preparation using the transposome-based nextera system[J]. BMC biotechnology, 2013, 13(1): 1.