1、概念的不同，纯净水[纯净水指的是不含杂质的H₂O，简称净水或纯水，是纯洁、干净，不含有杂质或细菌的水，如有机污染物、无机盐、任何添加剂和各类杂质，是以符合生活饮用水卫生标准的水为原水。]又叫纯水或者净水，指的是不含杂质或细菌的水；而蒸馏[蒸馏是一种热力学的分离工艺，它利用混合液体或液-固体系中各组分沸点不同，使低沸点组分蒸发，再冷凝以分离整个组分的单元操作过程，是蒸发和冷凝两种单元操作的联合。]水指的是经过蒸馏、冷凝操作的水。
2、制得方法的不同，纯净水可以通过电渗析[利用半透膜的选择透过性来分离不同的溶质粒子（如离子）的方法称为渗析。]器法、离子交换[借助于固体离子交换剂中的离子与稀溶液中的离子进行交换，以达到提取或去除溶液中某些离子的目的，是一种属于传质分离过程的单元操作。]器法、反渗透[反渗透又称逆渗透，一种以压力差为推动力，从溶液中分离出溶剂的膜分离操作。]法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得；而蒸馏水是通过蒸馏法以及配合一定的措施制得。
3、成分上的不同，纯净水中不含无机盐[无机盐即无机化合物中的盐类，旧称矿物质，在生物细胞内一般只占鲜重的1%至1.5%，目前人体已经发现20余种，其中大量元素有钙Ca、磷P、钾K、硫S、钠Na、氯Cl、镁Mg，微量元素有铁Fe、锌Zn、硒Se、钼Mo、氟F、铬Cr、钴Co、碘I等。]等等，而蒸馏水中会含有部分无机盐和有机物[有机物即为有机化合物。]。